Στη χώρα μας, η πρώτη διοικητική δραστηριότητα στον τομέα της πολιτικής αεροπορίας αναπτύχθηκε το 1924, όταν το τότε Υπουργείο Πολιτικής Αεροπορίας σύναψε την πρώτη διμερή αεροπορική συμφωνία. Η πρώτη οργανωμένη υπηρεσία ιδρύθηκε το 1926 και το 1929 ιδρύθηκε η Υπηρεσία Αερολιμένων Θαλάσσιων Μεταφορών στο Υπουργείο Ναυτιλιακών Υποθέσεων. Ωστόσο, η ουσιαστική οργανωτική προσπάθεια καταβλήθηκε με τους Νόμους 5017/31 και 5100/31, με τους οποίους η υπηρεσία δομείται κατά τρόπο που αποτελείται από την κεντρική υπηρεσία με μία διεύθυνση, την εξωτερική υπηρεσία που περιλαμβάνει κρατικά αεροδρόμια, δημοτικά και κοινοτικά αεροδρόμια και την υπηρεσία Διεθνών Οργανισμών Αεροπορίας. Γύρω στα έτη 1946-1948, η δομή της αναμορφώθηκε και η κρατική Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας αναδύθηκε σε επίπεδο γενικής διεύθυνσης, υπαγόμενης στον Αρχηγό του Γενικού Επιτελείου (Ν.Ν. 970/46, Β.Δ. 615/46, Ν.Δ. 634/48). Το 1952, με Β.Δ. Μεταφέρθηκε από το Υπουργείο Αεροπορίας στο Υπουργείο Συγκοινωνιών και ονομαζόταν Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας. Λειτούργησε μέχρι το 1960, οπότε εκδόθηκε το Β.Δ. 856/60 «περί Οργανισμού Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας», το οποίο αποτέλεσε τον πρώτο ολοκληρωμένο οργανισμό από την υπαγωγή της στο Υπουργείο Συγκοινωνιών. Με τις διατάξεις του, η υπηρεσία διαρθρώθηκε σε κεντρική υπηρεσία και περιφερειακές υπηρεσίες. Στη συνέχεια, με περαιτέρω οργανωτικές προσπάθειες, επιδιώκεται ο λειτουργικός εκσυγχρονισμός της (Ν.Δ. 4195/61, Ν. 4464/65, Ν.Δ. 169/69), οπότε με στόχο τη διασφάλιση μεγαλύτερης ευελιξίας και αποτελεσματικότητας, εκδίδεται το Ν.Δ. 714/70, το οποίο ιδρύει δύο ξεχωριστούς φορείς: α) τη Διεύθυνση Αερομεταφορών (ΔΑΜ) στο Υπουργείο Συγκοινωνιών με αρμοδιότητες την πρόταση, τη διαμόρφωση της πολιτικής αερομεταφορών και την εποπτεία της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ) και β) την Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, ως αυτόνομη και ανεξάρτητη δημόσια υπηρεσία, με διοικητική και οικονομική αυτονομία, εποπτευόμενη από τον Υπουργό Συγκοινωνιών και διοικούμενη από Διοικητικό Συμβούλιο, Διοικητή και Υποδιοικητή. Στη συνέχεια, το Διοικητικό Συμβούλιο της υπηρεσίας καταργείται με το Προεδρικό Διάταγμα 444/1976 και ψηφίζεται ο Νόμος 1340/83, με τον οποίο τροποποιείται το Νομοθετικό Διάταγμα 714/70 και η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ) μετατρέπεται σε δημόσια υπηρεσία του Υπουργείου Συγκοινωνιών. Διοικείται από τον Κυβερνήτη και τον Υποκυβερνήτη. Αποστολή της είναι η οργάνωση, η ανάπτυξη και ο έλεγχος των αερομεταφορών της χώρας και οι αρμοδιότητές της είναι κανονιστικές, ρυθμιστικές και επιχειρησιακές. Η δομή της σε κεντρική υπηρεσία και περιφερειακές υπηρεσίες συνεχίζει να υφίσταται και περιγράφεται στον Οργανισμό της (Π.Δ. 56/89). Αργότερα, έγιναν αλλαγές στη δομή της, η σημαντικότερη από τις οποίες ήταν η παραχώρηση του Αεροδρομίου Αθηνών και η δημιουργία του Διεθνούς Αεροδρομίου Αθηνών βάσει συμφωνίας που κυρώθηκε με τον Νόμο 2338/1995. Αργότερα, στο πλαίσιο της εναρμόνισης της χώρας με τον ΕΚ 549/2004, ο οποίος απαιτεί την ανεξαρτησία του κράτους από τους παρόχους υπηρεσιών αεροναυτιλίας, ψηφίζεται ο Νόμος 3913/2011 και προωθείται ο λειτουργικός διαχωρισμός της ΥΠΑ. Ιδρύθηκε η Γενική Διεύθυνση Παροχής Υπηρεσιών Αεροναυτιλίας (ΓΔΠΥΑΝ) με αρμοδιότητες την παροχή υπηρεσιών αεροναυτιλίας και η Ρυθμιστική Διεύθυνση με ρυθμιστικές αρμοδιότητες. Επιπλέον, βάσει των διατάξεων του ίδιου νόμου, τα αεροδρόμια Ακτίου, Θεσσαλονίκης, Ζακύνθου, Καβάλας, Κέρκυρας, Κεφαλληνίας, Κω, Μυκόνου, Μυτιλήνης, Ρόδου, Σάμου, Σαντορίνης, Σκιάθου και Χανίων παραχωρήθηκαν στην Fraport. Σήμερα, η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας ουσιαστικά λειτουργεί ως ενιαία, λειτουργικά διαχωρισμένη δημόσια υπηρεσία βάσει του Νομοθετικού Διατάγματος 714/70, του Ν. 1340/83, του Ν. 3913/2011 και του Προεδρικού Διατάγματος 56/89 και αποτυπώνεται στο οργανόγραμμά της. Με την παράγραφο 2 του άρθρου 26 του Ν. 4427/2016, συστάθηκαν οι θέσεις του Υποδιοικητή Διαχείρισης Αερολιμένων και Υδάτινων Οδών και του Υποδιοικητή Αεροναυτιλίας, οι οποίοι ήδη ασκούν τα καθήκοντά τους.